No Canadá de 1845, o jovem James Howlett vê seu seu pai John Howlett é assassinado pelo caseiro da casa onde moravam, Thomas Logan, pai de Victor Creed. Apavorado, James desenvolve sua mutação: garras ósseas crescem entre as juntas de suas mãos e acaba matando Thomas, que antes de morrer revela que é seu verdadeiro pai.

James foge junto com Victor para a floresta, e lá os dois prometem cuidar um do outro. Os irmãos passam os anos seguintes combatendo em diversas guerras para controlar suas tendências violentas, como a Civil Americana e ambas as Guerras Mundiais. Durante a Guerra do Vietnã, Victor tenta estuprar uma vietnamita, é impedido por um superior e acaba matando-o. James tenta ajudá-lo, e os dois são "executados" por fuzilamento, e são aprisionados após a regeneração de ambos fazê-los sobreviveram.

Porém, o cientista militar William Stryker procura os dois para participarem da Equipe X, um grupo de mutantes comandado pelo coronel no qual participam o atirador Agente Zero, o ágil lutador e mercenário Wade Wilson, o invunerável Fred Dukes, o teleportador John Wraith e o manipulador de energia Chris Bradley. Porém, a negligência e as ações questionáveis do grupo, faz com que James se separe do grupo, deixando Victor intrigado e decepcionado.

Seis anos depois, James vive nas montanhas canadenses com o nome de Logan, trabalhando como lenhador e vivendo com sua namorada Kayla. Um dia ele é procurado por Stryker, que avisa que os antigos membros da equipe estão sendo mortos. para Após Kayla ser assassinada por Victor e em um confronto Logan ser derrotado pelo irmão, Logan procura Stryker atrás de ajuda para vencer o irmão. Em um projeto secreto, "Arma X" Stryker reforça o esqueleto de Logan com Adamantium, uma liga de metal virtualmente indestrutível.

Antes do procedimento, Logan pede dog tags com o nome "Wolverine". Após a operação, Stryker diz para apagarem a memória de Logan - mas Wolverine escuta e foge. Wolverine se esconde num celeiro, onde conhece um casal idoso, Travis e Heather Hudson, que oferecem abrigo a Logan. Porém no dia seguinte os dois são assassinados pelo Agente Zero, que persegue Wolverine. Porém Logan consegue matar os homens de Zero e derrubar o helicoptero do atirador, matando-o.